高谭市的黑暗势力又开始蠢蠢欲动了，这次是毁了半边脸的“双面人”（汤米•李•琼斯 Tommy Lee Jones 饰）。一次，“双面人”袭击了马戏团，演员迪克（克里斯•奥唐纳 Chris O'Donnell 饰）阻止了“双面人”的阴谋，家人却因此惨遭杀害。布鲁斯（瓦尔•基尔默 Val Kilmer 饰）收留了迪克，并说服了满腔仇恨的迪克留了下来。因研究计划被拒绝而仇视韦布斯的公司职员爱德华（金•凯瑞 Jim Carrey 饰）成功研究出脑波吸收装置，化身成为“谜语侠”。“双面人”和“谜语侠”联手破坏高谭市，并通过脑电波吸收装置大量吸收市民的脑电波。蝙蝠侠这次的对手强大得可怕，蝙蝠侠最终能否战胜罪恶？
马丁（Michael J. Fox 饰）才回到现实世界与女友团聚，布朗博士（Christopher Lloyd 饰）就心急火燎地把他们带到了30年后的未来世界，原来这一次是马丁未来的两个孩子因参与抢劫锒铛入狱，博士要携马丁一起阻止悲剧发生。 周旋一番后，两个孩子被成功挽救，但三人回到现实世界后，却发现周遭发生了天翻地覆的变化，世界被贝夫（Thomas F. Wilson饰）所控制，马丁的父亲乔治惨死，母亲洛莲（Lea Thompson 饰）竟然成了贝夫的妻子！ 这一切都是因为时光机器的秘密不慎被未来的
